Het kernteam van de Gouda Tijdmachine komt maandelijks bij elkaar om de voortgang van de verschillende projecten met elkaar te bespreken. De leden van het kernteam brengen allemaal hun eigen kennis en ervaring mee op gebied van stedenbouw, cultureel erfgoed, archeologie, bouwgeschiedenis, data-analyse, archiefonderzoek en communicatie.
De kerngroep bestaat uit een dagelijks bestuur (Driehoek genoemd) en werkgroepen die verantwoordelijk zijn voor specifieke onderdelen en projecten. De kerngroep wordt hierbij ondersteund door een grote groep vrijwilligers. De kerngroep is ingedeel in een viertal werkgroepen: Digitalisering, ICT, Onderzoek en Producten.