Johannes de Doper Onder leiding van pastoor Petrus Purmerent nam de belangstelling voor het Rooms-Katholieke geloof
in Gouda zodanig toe, dat een nieuwe -ruimere - vergaderplaats nodig was. Vandaar dat in 1630
werd overgegaan tot de aankoop van een huis aan de Gouwe schuin tegenover de Sint-Joostbrug.
Kort hierop werden nog enkele panden op de Raam aangekocht. In dit complex vestigde Purmerent
een schuilkerk, aangezien het uitoefenen van de Rooms-katholieke godsdienst zeker in het openbaar
was verboden. Onder pastoor Jacobus Cats schaarde de statie, Sint Jan Baptist geheten, zich achter
de ideeën van de jansenisten. Cats werd opgevolgd door Ignatius Walvis die een zware strijd te
voeren kreeg met de jezuïeten. Ondanks een zwakke gezondheid en moeilijke werkomstandigheden,
publiceerde hij in 1714 de Beschrijving der stad Gouda. Hoewel gedateerd en op een aantal punten
achterhaald, kan nog steeds worden gesproken van een standaardwerk. Theodorus van der Croon,
bijgenaamd, de bidder, volgde walvis na diens overlijden op. Hij werd in 1733 tot bisschop gekozen,
maar bleef in Gouda resideren. In 1830 werd de Oudkatholieke statie 'De Tol' opgeheven en gingen
de daaraan verbonden leden over naar de statie Sint Jan Baptist. Van 1863 tot 1868 vond een
ingrijpende verbouwing plaats waaraan het complex zijn huidige aanzien te danken heeft. De drie
woningen langs de Gouwe werden vervangen door twee, waardoor ruimte vrijkwam om de smalle
gang die naar de kerk leidde aanzienlijk te verbreden en van een passend portaal te voorzien. Boven
de kerkingang werd een kosterswoning gebouwd. Ook het interieur van de kerk onderging in deze
jaren een ingrijpende wijziging. Sinds die tijd is het aanzien van de Oudkatholieke kerk ongewijzigd
gebleven.